在与圣约人的战争中逃出来秋之柱号巡洋舰降落到了神秘的巨大环状天体“光晕”上。圣约人的追兵紧跟着奔袭而来，俘获了秋之柱号巡洋舰的舰长。秋之柱号巡洋舰上惟一的一名超级生化战士约翰-117，在105空降师的伞兵们协助下，左冲右突，四处游击，伺机从圣约人手中救回舰长。双方杀得难解难分，却全然不知可称为生命公敌的梦魇——洪魔，同样沉睡在这个不祥世界中。洪魔是一种寄生生物，它能通过感染，控制任何满足其寄宿条件的智慧生物。一旦它从禁锢中获得解放，可怕的浩劫将在全宇宙肆虐。这个巨大的光晕就是一个先进外星种族专为禁锢洪魔所建造的。为使宇宙苍生免遭洪魔荼毒，约翰-117只身杀向光晕的核心控制机构……