三岁丧父，随母住堂伯父李翼清家。光绪十八年（1892年）翼清辞官，宝嘉随之由山东返回常州。少有才名，精于书画篆刻、金石音韵，又从传教士学习英文，第一名考取秀才，但是终生未能中举。三十岁在上海先后创办《指南报》、《游戏报》、《世界繁华报》，担任过《绣像小说》半月刊主编，人称为“小报界鼻祖”。

1903年，著《官场现形记》连载于《世界繁华报》，两年后，因肺病病故上海，《官场现形记》部份故事内容由朋友欧阳巨源（茂苑惜秋生）补缀而成。《活地狱》写至第39回，因病重停笔，第40至42回为吴趼人所续。《海天鸿雪记》亦未写完。《中国现在记》写12回，未完。

1906年，李伯元因肺病在上海逝世，身后孑然，无子息，由上海名伶孙菊仙为他料理后事。著有《庚子国变弹词》、《中国现在记》、《官场现形记》、《文明小史》、《活地狱》、《海天鸿雪记》等十多种著作。