晚年投奔陈胜，陈胜在陈郡（今河南淮阳）称王后，陈人或称子鲋，或称孔甲。孔鲋博通经史，与魏名士张耳、陈余友好。秦始皇统一中国后，孔鲋不仕，令其弟子叔孙通仕秦，后召为鲁国文通君，拜少傅。

始皇三十四年（前213），宰相李斯始议焚书之事，魏人陈余告诉他：“秦将灭先王之藉，而子为书籍之主，其危矣哉！”他回答说：“吾为无用之学，知吾者唯友，秦非吾友，吾何危哉？吾将藏之，以待其求。”遂收其家所藏《论语》、《尚书》、《孝经》等书，藏于旧宅的墙壁中，而后隐居嵩山，教弟子百余人。

陈胜领导农民起义，他也从军反秦，为博士、太师，留在身边，以备咨询。后由于陈胜不能听取规谏，以致起义形势直转而下，导致最终失败，最后在与秦将章邯的战斗中战死，卒年57岁。

《论语》、《尚书》、《孝经》、《逸礼》等书，在武帝末皆失，汉景帝时，破孔宅旧壁，遂得见其所藏之书，皆古文，被称为“壁经”或“古文经”。孔鲋到死也没有将其藏书取出，他的“鲁壁藏书”成了历代藏家之经典轶事，明人孔贞栋《咏鲁壁》诗云：“蝌蚪出从古壁中，至今大地书文同。秦人遗下六经火，三月咸阳焰尚红”。清乾隆帝写诗赞颂：“经天纬地存千古，岂系恭王坏宅时”。著书20篇，旧传《孔丛子》为他所作，实出后人伪托。