《蛋白质女孩》以夸张的笔法，叙述了两个青年人在现代都市中寻找爱情的一则则小故事，通过他们所接触到的各种类型的都市女孩及与之交往中的种种遭遇，反映了当代都市中的青年男女的生活观和情爱观。作者以敏锐的观察力、生动的笔调、幽默的对白，一针见血地道出了现代都市情爱的甜蜜与苦涩同生、希冀与无奈共存的复杂心态。

《蛋白质女孩》的特色之一，在于它的语言。唇枪舌剑间，可以欣赏的不仅是你来我往的机智，而且可以看王文华在刻意押韵与类似“高维修女子”、“感觉有角”等西字中用里，营造一种突梯的语言想象乐趣。不过就像王文华所感觉的，《蛋白质女孩》大概是他作品中受到最多瞩目与争议的。其中一个争议就在于他有意求工的押韵，有些人认为这种写法很好玩，但也有人觉得太雕琢，王文华解释说，其实他尝试用这样的写法并没有文学上的鸿图大志，只是写的时候特别觉得痛快淋漓，有一种不同的书写乐趣。另外王文华常听到的批评是，张宝这个角色实在是令人不能忍受的自私、邪恶与男性沙文主义。对此王文华也颇觉遗憾地说，读者其实忽略了张宝和书中的“我”，都是有多种层面的人，他们自私也纯情，有畏缩也有大胆行动的时候，并不是从头到尾都是一个调性。王文华也认为，每个人在现实生活中，说穿了都有张宝和“我”的成分，只是比重不同罢了。

感情历程不像张宝，可是王文华实事求是的处世态度，却与《蛋白质女孩》的都会风格一样鲜明。王文华说，他的确是一个会关注现实面的人，像他每天早上听到美国股市的报导都会非常感动，因为他想到的是经济力量带给人类的进步，在看电影的时候，别人也许只会注意艺术性，而他会想到从电影中可以学到什么改善人生的方法，还因此写了《电影中的实用智能》这本书。